Caspar giftet seg med Anna Thomasdatter Fincke 22 Nov 1612, Copenhage, Denmark. Anna (datter av Thomas Jacobsen Fincke og Søster Jungesdatter Ivers) ble født 8 Feb 1594 , Köpenhamn, Danmark; døde 17 Okt 1677, Köpenhamn, Danmark; ble begravet 2 Nov 1677, Vor Frue Kirke. [Gruppeskjema] [Familiediagram]

1. Anna Casparsdatter Bartholin ble født 26 Jul 1613 , Købehavn; døde 21 Feb 1682, Købehavn.
2. Bertel Bartholin ble født 21 Sep 1614; døde 29 Jan 1690.
3. Thomas Casparsen Bartholin, den ældre ble født 20 Okt 1616; døde 4 Des 1680, København; ble begravet , Vor Frue Kirke.
4. Casper Bartholin (von Barthlin), til Lejregård ble født 19 Jul 1618 , København, Sjælland, Danmark; døde 2 Nov 1670.
5. Albert Bartholin ble født cirka 1620 , Copenhagen, København, Capital Region of Denmark, Denmark; døde 17 Mai 1663, hos bror Thomas Bartholin.
6. Rasmus Casparsen Bartholin ble født 13 Aug 1625 , Roskilde; døde cirka 1698.