Eiler giftet seg med Gunille (Gunilde) Melchiorsdatter Falch 1 Nov 1653, Trondheim, Norway. Gunille (datter av Melchior Jacobsen Falch og Mille Audensdatter Aspa) ble født 6 Jan 1628 , Hitra, Hemne, Sør-Trøndelag; døde 23 Feb 1662, Trondheim (Hemne?). [Gruppeskjema] [Familiediagram]

1. Mille Emilie Eilersdatter Schøller ble født 21 Sep 1655 , Nordvegen; døde 26 Aug 1711, København, Hovedstaden, Danmark; ble begravet , København, Hovedstaden, Danmark.
2. Caspar Eilertsen Schøller ble født 17 Nov 1656.
3. Ellen Eilersdatter Schøller ble født 31 Okt 1657 , Hemne, Sør-Trøndelag, Norge; døde 7 Des 1689, Kvernes, Møre og Romsdal, Norge.
4. Karen Eilersdatter Schøller ble født 6 Jan 1662; døde cirka 1703.

Eiler giftet seg med Susanne Christophersdatter Tønder 2 Okt 1664, Trondheim, Sør-Trøndelag, Norway. Susanne (datter av Christopher Nielsen Tønder og Karen Olufsdatter Schriver) ble født 14 Mai 1640; døde 16 Mai 1675, Hemne, Sør-Trøndelag, Norge; ble begravet 6 Jun 1675. [Gruppeskjema] [Familiediagram]