Frederik giftet seg med Jacobine Caroline Augusta Bartholdy 13 Aug 1862. Jacobine ble født 28 Apr 1837 , Kbh. [Gruppeskjema] [Familiediagram]

1. Jens Christian Christian Bartholdy Bartholdy-Møller ble født 10 Nov 1863 , Kbh.
2. Axel Johannes Bartholdy-Møller ble født 5 Sep 1865; døde 24 Jul 1958.
3. Aage Benedict Bartholdy-Møller ble født 30 Okt 1867 , Herfølge sogn, Bjæverskov herred, Præstø amt; døde cirka 1946.
4. Margrethe Cecilie Bartholdy-Møller ble født 5 Aug 1869 , Herfølge sogn, Bjæverskov herred, Præstø amt; døde 15 Jan 1935, København; ble begravet 18 Jan 1935, Valby.
5. Helge Nathaniel Bartholdy-Møller ble født 13 Feb 1875.
6. Vagn Olav Bartholdy-Møller ble født 20 Jul 1883; døde 13 Sep 1949.