Johann giftet seg med Margrethe Schleswig-Holstein, Oldenburg, Gräfin zu Nassau-Siegen 27 Aug 1603, Rotenburg, Hessen-Nassau, Deutschland(HRR). Margrethe (datter av Johann "Hans den yngre" af Danmark og Norge von Oldenburg, Herzog zu Schleswig-Holstein-Sonderburg og Elisabeth Welf, Herzogin zu Schleswig-Holstein-Sonderbur) ble født 3 Mar 1583 , Sønderborg, Schlesvig, Danmark; døde 10 Apr 1658, Siegen, Nassau, Deutschland(HRR); ble begravet , Fürstengruft. [Gruppeskjema] [Familiediagram]

1. Johann Moritz von Nassau-Siegen, Fürst ble født 18 Jun 1604 , Dillenburg, Hessen-Nassau, Deutschland(HRR); døde 20 Des 1679, Bergendael, Kleve, Jülich-Kleve-Berg, Deutschland(HRR); ble begravet cirka 1680, Siegen, Hessen-Nassau, Deutschland(HRR).
2. George Frederik Lodewijk van Nassau-Siegen, graaf ble født 23 Feb 1606 , Dillenburg, Hessen-Nassau, Deutschland(HRR); døde 5 Apr 1674, Bergen op Zoom, Noord-Brabant, Netherlands.
3. Wilhelm Otto van Nassau-Siegen, prins ble født cirka Jun 1607; døde 14 Aug 1641, Wolfenbüttel, Niedersachsen, Deutschland.
4. Louise Christina von Nassau-Siegen ble født 8 Okt 1608 , Siegen, Nassau-Siegen, Deutschland(HRR); døde 19 Des 1678, Château-Vilain.
5. Heinrich Graf von Nassau-Siegen ble født 9 Aug 1611 , Siegen, Hessen-Nassau, Deutschland; døde 27 Okt 1652, Hulst, Zeeland, Nederlande.
6. Marie Juliane Nassau, Herzogin zu Sachsen-Lauenburg ble født cirka 1612; døde cirka 1665.
7. Amalia Magdalena von Nassau-Siegen, Pfalzgräfin und Herzogin zu Pfalz-Sulzb ble født 2 Sep 1613 , Siegen, Nassau-Siegen, Deutschland(HRR); døde 24 Aug 1669, Sulzbach, Pfalz-Sulzbach, Deutschland(HRR).
8. Bernhard Prinz von Nassau-Siegen ble født cirka 1614; døde cirka 1617.
9. Christian Prinz von Nassau-Siegen ble født cirka 1616; døde cirka 1644.
10. Catharina Nassau ble født cirka 1617; døde cirka 1645.
11. Johann Ernst II von Nassau-Siegen, Prinz ble født cirka 1618; døde cirka 1639.
12. Maria Nassau, Prinzessin ble født cirka 1619; døde cirka 1620.
13. Unknown Von Nassau-Siegen ble født cirka 1620; døde cirka 1620.
14. Elisabeth Juliane Nassau, Gräfin zu Sayn-Wittgenstein ble født cirka 1620; døde cirka 1665.