Jacob giftet seg med Anne Johanne Daae 17 Jul 1863, Kragerø, Telemark, Norway. Anne (datter av Hans Hansson Daae og Anne Johanne Christie) ble født 18 Des 1839 , Bergen, Hordaland, Norway; døde 3 Des 1876, Trondheim, Sor-Trondelag, Norway. [Gruppeskjema] [Familiediagram]

1. Sofie Honoria Bonnevie ble født 28 Aug 1864 , Oslo, Norway; døde 15 Apr 1928, Oslo, Norway.
2. Hanne Bonnevie ble født 23 Aug 1866 , Oslo, Norway; døde 15 Aug 1934, Oslo, Norway.
3. Sofie Augusta Bonnevie Bryn ble født 9 Aug 1868 , Kristiansand, Vest-Agder, Norway; ble døpt 23 Aug 1868 , Kristiansand; døde 29 Mar 1942, Vestre Aker; ble begravet , Vestre Gravlund.
4. Kristine Elisabeth Heuch Bonnevie ble født 8 Okt 1872 , Trondheim, Sør-Trøndelag, Norway; døde 30 Aug 1948, Oslo, Norway; ble begravet , Vår Frelsers gravlund.
5. N. Bonnevie
6. J. Bonnevie
7. C. Bonnevie

Familie/Ektefelle/partner: Susanne Bryn. Susanne (datter av Thomas Bryn og Christine Emilie Caroline Richter) ble født 11 Sep 1846 , Trondheim, Sør-Trøndelag, Norway; døde 9 Sep 1927, Oslo, Norway; ble begravet , Vår Frelsers gravlund. [Gruppeskjema] [Familiediagram]