Bagge giftet seg med Cæcilie (Sidsel) Pedersdatter cirka 1545, Ribe, Denmark. Cæcilie (datter av Peder Ibsen og Anna Marine Pedersdatter (Bååt)) ble født cirka 1528; døde 2 Apr 1579, Ribe Købstad; ble begravet cirka 1579. [Gruppeskjema] [Familiediagram]

1. Peder Baggesen ble født cirka 1546 , Ribe, Syddanmark, Danmark; døde 19 Apr 1591, Ribe, Region of Southern Denmark, Denmark; ble begravet , Ribe, Denmark.
2. Karen Baggesdatter ble født cirka 1549 , Ribe; døde 14 Mai 1615, Odense.
3. Maren Marine Baggesdatter ble født cirka 1563 , Ribe, Denmark; døde 13 Des 1602, Odense.
4. Cecile Baggesdatter døde cirka 1583.
5. Anne Baggesdatter døde 19 Jan 1601.